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科學(xué)家公布新的基因-藥物匹配數(shù)據(jù)庫

2013-10-15 11:32 閱讀:2299 來源:51atgc 作者:陳*章 責(zé)任編輯:陳文章
[導(dǎo)讀] 日前,來自圣路易斯華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)院的研究人員研究開發(fā)出了一個大型的在線數(shù)據(jù)庫,它能將上千個癌癥或疾病相關(guān)基因與靶向這些基因的藥物進行匹配。這些藥物中的一些已經(jīng)被美國食品與藥品管理局批準使用,另一些正處于臨床試驗階段或只在新藥研發(fā)階段。

    日前,來自圣路易斯華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)院的研究人員研究開發(fā)出了一個大型的在線數(shù)據(jù)庫,它能將上千個癌癥或疾病相關(guān)基因與靶向這些基因的藥物進行匹配。這些藥物中的一些已經(jīng)被美國食品與藥品管理局批準使用,另一些正處于臨床試驗階段或只在新藥研發(fā)階段。

    藥物基因關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫的細節(jié)被發(fā)表在10月13日的《自然-方法》(Nature Methods)上。該數(shù)據(jù)庫主要包括了癌基因,但也有一些其他疾?。ɡ绨柎暮D?、心臟病、糖尿病等)的相關(guān)基因。 Griffith 兄弟與圣路易斯華盛頓大學(xué)基因組研究所的一組科學(xué)家們共同開發(fā)了這一數(shù)據(jù)庫。
 


    該數(shù)據(jù)庫由一對孿生兄弟Obi Griffith 博士和Malachi Griffith 博士開發(fā),他們的興趣是將藥物與基因匹配起來。他們的母親在 17 年前死于乳腺癌,那時他們還差幾個星期就要高中畢業(yè)。

    Malachi Griffith 說:“我們想要創(chuàng)造一個綜合的、便于研究人員使用的數(shù)據(jù)庫,如像谷歌搜索引擎一樣來搜索疾病基因。隨著我們逐步邁向個性化醫(yī)療,更多的了解哪種藥物能夠靶向患者個體或特定疾?。ɡ缛橄侔┗蚍伟┑耐蛔兓蜃兊脑絹碓街匾?。但是到目前為止還沒有一種簡單的方法可以幫助研究者們找到這些信息。”

    如果研究人員希望了解已有的基因組測序或其它方法確定的疾病基因的錯誤突變是否能夠用現(xiàn)有的藥物治療,那么將很容易在該數(shù)據(jù)庫中進行搜索。另外,該數(shù)據(jù)庫中還包括一些基因,它們可能成為未來藥物發(fā)展的重點靶向?qū)ο蟆?br />
    文章的資深作者、基因組研究所的主任Richard K. Wilson博士說:“該資源有著驚人的深度,它對于研究人員制定更好的患者治療方案將是十分珍貴的。”

    Wilson 和他的同事們警告說,數(shù)據(jù)庫是用于研究目的,而不能指導(dǎo)治療。數(shù)據(jù)庫的主要目的是方便未來的臨床研究,為更有效地治療疾病提供幫助。

    Malachi Griffith 說:“該數(shù)據(jù)庫使我們離目標更近了。這真是一個豐富的資源。能將它提供給科學(xué)界,我們十分興奮。”

    他們花費了幾年時間用于該數(shù)據(jù)庫的開發(fā),它是公開的和免費的,包括了超過 14000 種藥物-基因的相互作用,涉及了 2600 個基因和 6300 種靶向這些基因的藥物。數(shù)據(jù)庫還包括了6700個其它的基因,這些基因有可能成為未來藥物的靶標。

    在這之前,研究人員想要知道一個疾病基因是否能用某種藥物治療需要搜素零散的科研文獻、臨床試驗數(shù)據(jù)或其它信息,這其中有些是不公開的或者不容易被搜素到。另外,許多現(xiàn)有的數(shù)據(jù)庫在確定基因和藥物方面有不同的方法,語言的障礙也會讓一個明確的搜素任務(wù)變得很費力。

    Griffith 兄弟是生物信息學(xué)方面的專家。他們以前常常被追問,現(xiàn)有的藥物能否靶向癌癥基因組測序找到的基因,因此他們希望開發(fā)一個藥物-基因互作的數(shù)據(jù)庫。

    Obi Griffith 說:“我們不應(yīng)該依靠一個計算機向?qū)斫鉀Q這一問題。但是實際上,我們經(jīng)常不得不通過編寫特殊的軟件來找到答案?,F(xiàn)在,研究人員能夠快速和容易的尋找它們。”

    這一新數(shù)據(jù)庫整合了美國、加拿大、歐洲和亞洲的 15 個公用數(shù)據(jù)庫的信息。使用者們輸入一個基因的名字或許多基因的列表就能檢索得到靶向它們的藥物。檢索結(jié)果提供了針對每一個基因的藥物的名字和藥物的細節(jié),例如藥物是一個抑制劑、抗體、疫苗還是其他類型。如果選擇的話,搜索結(jié)果還能給出更多更深入的信息來源。


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